Türkistan tarihine etki eden unsurların başında gelen Moğollar güçlerini Cengiz Han döneminde toplayarak büyük bir imparatorluk haline gelmişlerdir. Çin'den Doğu Avrupa sahasına kadar istila hareketlerinde bulunarak özellikle Türk coğrafyasının kaderinin değişmesinde etkin bir rol almışlardır. Cengiz Han'ın 1227 yılında ölümünün ardından Türk coğrafyaları üzerinde imparatorluk ardıllarının yönetim hakimiyeti başlamıştır. Bu egemenliğin hükmettiği halkın çoğunluğu Türk iken egemen yönetim kadrosu ve ordunun çoğunluğu ise Moğol unsurlardan oluşmuştur. Türkistan coğrafyasının büyük bir kısmında bu sistemin içinde ortaya çıkan Çağatay Hanlığı Cengiz Han'ın oğullarından biri olan Çağatay tarafından kurulmuştur. İlk başlarda merkezi Moğol Devleti'nin bir parçasıyken giderek bağımsız hareket eden bir devlet yapılanması haline dönüşmüştür. XIV. yüzyıl ortalarında Moğol geleneklerinden sıyrılarak İslam kültürü içinde sentez olan hanlık ikiye ayrılarak Maveraünnehir ve Moğolistan hanlıklarına dönüşmüştür. Batıda Timur hakimiyeti ve Doğuda Hocalar hareketiyle Çağataylılar siyasi arenadan çekilmek zorunda kalmışlardır. Geride bir Çağatay ulusu bırakan hanlık Türkçe'nin de en büyük kollarından biri olan Çağatay Türkçesi'nin günümüze gelmesini sağlamışlardır.