Kırgızlar tarihte Türkistan olarak bilinen coğrafyanın farklı yerlerinde yaşamış en eski Türk boylarından biridir.
Genelde Türkistanda özelde ise Kırgızistanda karşılaşılan problemler Türkistanda yaşayan Müslüman halkların bizatihi kendilerinden kaynaklanmamaktadır. Bölgede yaşanan olumsuzlukların temelinde farklı hususlar rol oynamıştır. Üç nesil sağlıklı bir dinî bilgi akışından mahrum bırakılan Türkistanlıların İslâm ile bağlantıları Afganistanın Sovyetlerce işgali döneminde ABDnin Afganistanda ve diğer İslâm ülkelerinde yönlendirip desteklediği gruplar aracılığıyla kurulmuştur. Buna Türkistan Müslümanlarını Sovyetlere karşı ayaklanmaya davet eden ABDnin yönlendirdiği Pakistanın ve Arap ülkelerinin çeşitli yayın yollarıyla yaptıkları propagandalar da dâhildir.
Türkistan Müslümanlarının İslâmla yeniden buluşması doğal bir mecrada değil de Afganistan Pakistan veya Arap ülkeleri kaynaklı dinî akımlarla ve özellikle de sömürgeci emelleri öncelikli olan modern dünyanın rehberliği ve yönlendirmesiyle gerçekleşmiştir.
Türkistandaki Müslüman Türk halkları Moğol istilası Çarlık Rusyası ve Sovyet hâkimiyetlerini askerî ve siyasî düzeyde tutabilmişler iken bağımsızlık ile başlayan süreçte çok yoğun bir şekilde yürütülen misyonerlik faaliyetleri karşısında önceki direnci göstermekte zorlanmışlardır.