I. Balkan Savaşı ve I. Dünya Savaşı sırasında vatanına ve milletine sayısız hizmetlerde bulunan Mehmed Şakir Kesebir'in Millî Mücadele sırasında Trakya'da gerçekleştirdiği faaliyetler Doğu Trakya'nın kurtuluşunda hayatî öneme sahiptir. İstanbul'un işgalinden sadece iki hafta sonra Lüleburgaz Kongresi'ni toplamış ve başkanlığını yapmıştır. Olağanüstü Edirne Kongresi'nde Trakya'nın işgal edilmesi durumunda tüm imkânlar kullanılarak müdafaa edilmesi gerektiği fikrini sonuna kadar savunmuştur. Millî Mücadele'nin ardından Doğu Trakya'nın devir ve teslimine bizzat katılmış ve bölgede mülkî idareyi yeniden tesis etmiştir. Cumhuriyet döneminde iki kez İktisat Vekilliği bir kez Ziraat Vekilliği yapan Şakir Kesebir 1930 yılında "Şakir Kesebir Planı" olarak da anılan İktisadî Vaziyetimize Dair Rapor'u hazırlamış ve Türkiye'nin iktisadî açıdan kalkınmasında önemli rol oynamıştır.