Afrika'daki paralı askerlerin hakkından geldikten sonra şahit olduğu bir cinayet Jason Bourne'un bulanık hafızasında kimi anıların uyanmasına yol açar. Özellikle de Bali'deyken kendisine üzerinde garip birtakım yazılar bulunan insanların ele geçirmek için cinayetler işlediği bir yüzük ve onu emanet eden genç bir kadın hakkındaki anıların... Bourne yüzüğün sahibini ve neyi simgelediğini bulmak için geçmişi eşelemeye başlar ancak nasıl bir komplonun içinde bulunduğundan habersizdir.Sürdüğü iz onu CIA programının kendisinden sonraki en yetenekli mezunuyla karşı karşıya getirir Leonid Arkadin'le. Bu iki adamın yolu birbiriyle kesişirken aslında bunun bir tesadüf olmadığı da yavaş yavaş anlaşılmaya başlar. Birileri hangisinin daha acımasız bir ajan olduğunu bilmek için ülkelerin kaderini değiştirebilecek bir ölüm oyununu başlatmışlardır.Robert Ludlum'un efsanevi ajanı hem yedi romanın hem de sinemada Matt Damon'ın oynadığı gişe rekorları kıran filmlerin ana karakteri allak bullak olmuş hafızasıyla mücadele etmekte olan sürüden ayrılmış tehlikeli ajan Jason Bourne Bourne'un Hedefi'nde şimdiye dek içine düştüğü açmazların en tehlikelisiyle karşı karşıya kalır. Şiddet dolu geçmişini ortaya çıkarıp onunla yüzleşmediği sürece bir adım bile ileriye gidemeyeceğinin farkına vardıktan sonra aşılması imkânsız gibi görünen engelleri tek tek aşmak için ölümüne bir savaşa girişir.